在工程过程结算中，变更金额超出合同暂列金额是常见问题，需遵循“合规协商、流程闭环”原则处理，核心在于通过补充约定明确责任与费用承担，确保结算顺利推进。

一、优先核查合同约定，明确处理依据

1. 调取合同条款：重点查看暂列金额的使用范围、变更审批流程及超支后的约定条款。若合同已明确超支部分由建设方承担或需签订补充协议，直接按约定执行。

2. 确认变更合法性：核查变更是否经建设方、监理方书面审批，变更内容是否符合工程实际需求，避免因变更程序不合规导致后续纠纷。

二、及时发起协商，签订补充协议

1. 提交超支说明：施工方需整理变更签证、费用计算依据（如工程量清单、定额标准），形成书面超支报告，明确超支金额、原因及工期影响，提交建设方。

2. 协商费用承担方案：双方结合工程实际协商超支部分的费用来源，常见方案包括：

建设方追加投资，将超支金额纳入工程总造价；

优化部分非核心工程内容，核减费用以平衡超支金额；

分摊承担，按合同约定比例或协商比例由双方分担。

3. 签订补充协议：将协商结果以书面补充协议形式确认，明确超支金额的支付方式、时间及对应的工程责任，避免口头约定导致后续争议。

三、规范过程管控，降低超支风险

1. 动态跟踪暂列金额使用：过程结算中定期统计变更金额，当接近暂列金额的80%-90%时，及时向建设方预警，提前沟通潜在超支风险。

2. 严控变更审批：对新增变更，需先评估费用是否超出剩余暂列金额，确需超支的，同步启动协商流程，避免变更实施后才发现金额超支。

四、争议处理：优先协商，再走法定途径

若双方对超支处理无法达成一致，可先通过监理方、造价咨询机构调解；调解无效时，按合同约定的争议解决方式（如仲裁、诉讼）处理，确保过程中留存完整的变更签证、沟通记录等证据，保障自身合法权益。

综上，处理变更金额超暂列金额的核心是“先依约、再协商、后管控”，通过规范流程与书面约定，减少结算纠纷，保障工程建设顺利推进。